En lo que respecta a la flora, podemos encontrar desde azucenas, valerianas, etc... hasta los apreciados edelweiss. Su gran variedad de alturas y el respeto de las gentes hacen de este gigantesco parque un ejemplo a seguir.
Todos los Pirineos en su estado natural. Podemos dividir la flora del parque en tres grandes zonas:

La zona baja, es la zona subalpina, donde podemos encontrar pastos para rebaños, hayedos y abetales. El alguna vertiente sur, también hay pinos silvestres.
Entre las flores hallaremos el mastuerzo y la valeriana pirenaica.

La zona media, es la zona alpina. Aquí los árboles empiezan a escasear, tan solo persisten algunos sauces.
Algunos arbustos no muy altos y entre las flores podemos encontrar el silene sin tallo o la amapola odorífera.

La zona alta, es la zona glaciar. Tan solo los líquenes y algas sobreviven a estas condiciones extremas.

Cabe decir que cada especie se va adecuando a la altura como mejor puede, por ejemplo los mismos abetos recortan el tamaño de sus ramas conforme vamos subiendo, entre otras cosas debido a que si no lo hiciesen el peso de la nieve las partiría.

Hay otras especies que son comunes en otras partes de nuestro planeta pero que aquí han desarrollado características particulares; son las denominadas especies endémicas. En el parque hay clasificadas más de 150 especies de este tipo, entre las que destacan la Ramonda Pyrenaica, el sisimbrio Pirenaico, la androsacea ciliada, el Heliantemum Pirenaico y la arveja plateada entre otras.

Pino negro: Este es un tipo de pino que podemos encontrar en algunos lugares del parque, en cualquier tipo de terreno y exposición. Es de crecimiento extremadamente lento y está acostumbrado a unas condiciones climáticas extremas, por lo que lo podemos encontrar a una altura considerable, incluso un poco por encima de los 2.300 metros.
En la zona del Néouvielle hay algún ejemplar con más de mil años, cosa excepcional, ya que su promedio es bastante menor y va entre los 600 a 800 años.
De él se benefician las hormigas rojas que aprovechan sus hojas para construir sus nidos y algunos pájaros se alimentan de sus semillas.
Su mayor "deprerador" es un pequeño hongo que ataca a las raíces y que puede acabar matándolo.